药学医学基础实验教学中心承担本校药学院和生命科学和技术学院相关专业药物生物学评价实验课程群的教学任务。1999年在开展实验教学改革的过程中，将原有的生理、药理教研室所属与本科教学有关的实验室进行合并，成立生理药理实验室，直属药学院领导（校-院-实验室）。1999年底通过江苏省教委组织的高等学校基础课教学实验室的评估，被确定为首批验收合格单位。2005年3月在生理药理实验室的基础上，进一步整合药理学科（包括药理教研室、生理教研室、药理研究室、药代研究中心）所有的实验教学资源和承担的实验课程，成立“药学医学基础实验教学中心”。同年，被江苏省教育厅批准为“江苏省药学医学基础实验教学示范中心建设点”。2006年6月，整合药化教研室、药剂教研室和药分教研室所属实验室，成立“药物学实验教学中心”。2006年12月，进一步整合上述两个实验中心的各项资源，成立校院两级共同领导的“药学实验教学中心”， 2007年10月被教育部评为国家级实验教学示范中心。
